Em um arquipélago de três ilhas localizado ao sudeste da Austrália, dois cientistas malucos chamados Dr. Neo Cortex e seu ajudante, Dr. Nitrus Brio, estavam sobre o comando das Ilhas Wumpa. Cortex tinha como ambição dominar o mundo através de seu exército de criaturas manipuladas, os chamados ''Commandos Cortex''. Ele então, determinado a criar o general de seu exército, usa o Evolvo-Ray (máquina criada com o propósito de evoluir os animais, fazendo-os ficarem mais fortes e inteligentes) em mais um marsupial, Crash Bandicoot, o nosso futuro herói! Apesar dos avisos de Brio que o Cortex Vortex (máquina criada com o propósito de fazer lavagem cerebral nos animais) não estava pronto para ser utilizado, Cortex o introduz à máquina, porém, acontece o que Brio previa, o Cortex Vortex rejeita Crash, devido a este mesmo ter uma natureza bondosa. Com isso, Cortex o persegue pelo laboratório, fazendo com que o marsupial se chocasse contra a janela do castelo, e caísse para sua suposta morte, deixando sua namorada, Tawna Bandicoot, para trás.
Porém, ao contrário do que Cortex pensava, Crash sobreviveu à queda, e foi parar na sua ilha natal, a Ilha N. Sanity, levado pelo mar. Chegando na praia, ele começa sua aventura em busca de sua namorada que agora se encontrava nas mãos de Neo Cortex. Na ilha, ele encontra Aku Aku, um espírito de um velho curandeiro em forma de máscara, que viveu nas Ilhas Wumpa à centenas de anos atrás. Ele acaba se tornando companheiro de Crash, que assim como este mesmo tem um objetivo, salvar as ilhas da intensa poluição causada pela Ilha Cortex, a mais perigosa de todo o arquipélago. Em sua jornada, Crash atravessa selvas, fortalezas nativas, entre outros perigos, até que ele chega até a casa do líder dos nativos, o obeso Papu Papu, que apesar de seu enorme tamanho e força, é derrotado facilmente. Com isso, Crash foge da fortaleza nativa e então, segue para a segunda ilha, a Ilha Wumpa.
Chegando na ''ilha das ruínas'', Crash encontra seu segundo inimigo, o canguru Ripper Roo, um dos experimentos fracassados de Neo Cortex, que tem uma paixão um tanto quanto estranha por explosivos. Depois de derrotá-lo, Crash segue pelas ruínas antigas da Ilha Wumpa, onde provavelmente viveram os primeiros habitantes das Ilhas Wumpa. Após passar por diversos outros perigos na ilha, Crash encontra um vulcão, onde ele enfrenta seu terceiro inimigo, o musculoso Koala Kong, que apesar de seus esforços para tentar esmagar Crash com várias pedras, é derrotado no final. Com isso, finalmente, Crash se dirige para a ilha final, a Ilha Cortex.
Chegando na última e mais perigosa ilha, Crash segue pela refinaria ''Cortex Power'', a fonte do lixo tóxico despejado no oceano do arquipélago. Lá, ele segue por diversas fábricas, enfrentando diversos inimigos, até que ele chega no escritório do guarda-costas de Cortex, Pinstripe Potoroo, o comandante da refinaria. Para tentar matar Crash, Pinstripe utiliza sua fiel metralhadora e com ela, atira para tudo quanto é lado. Após Crash dar o golpe final no Potoroo enlouquecido, este mesmo acaba atirando no núcleo da refinaria (que se encontrava atrás de um vidro em seu escritório), e com isso, fazendo com que a poluição sessasse. Entrando no castelo, Crash encontra o Dr. Nitrus Brio, o ajudante de Cortex. Após uma intensa batalha contra Crash, Brio se vê obrigado a beber a mistura de suas poções, fazendo com que ele se tornasse um monstro musculoso e verde (semelhante ao Hulk). E com isso, ele começa a destruir o castelo com a sua enorme força, porém, Crash o derrota no final. Chegando ao laboratório de Cortex, Crash enfrenta os Assistentes de Laboratório de Cortex, e os derrota com sucesso. Saindo dele, Crash chega ao terraço, e se prepara para a batalha final contra Cortex, que estava furioso pelo fato daquele mero bandicoot ter lhe causado tantos problemas. A batalha é travada no dirigível de Cortex, onde pode-se ver o fim do castelo de Cortex, que agora se encontrava em chamas. Cortex tenta acabar com Crash através de sua pistola à laser, porém sua própria arma acaba sendo o motivo de sua derrota; Crash gira nos tiros verdes da pistola, que acabam voltando contra Cortex, que acaba tendo sua ''prancha voadora'', destruída, acarretando na queda para sua morte. Depois disso, Crash e Tawna seguem com o dirigível para a Ilha N. Sanity, felizes por terem livrado as Ilhas Wumpa da maldade de Cortex.
- Papu Papu: ''Papu Papu vendeu as ruínas do castelo de Cortex para um construtor de Resorts. Ele então utilizou os procedimentos para abrir uma gigantesca loja de souvenires na ilha.''.
- Ripper Roo: ''Depois de uma intensa terapia e oito anos de uma melhor educação, o Dr. Ripper Roo começou a escrever o renomado 'Através dos olhos do Vórtice: Um rápido estudo sobre a evolução e suas consequências'.''.
- Koala Kong: ''Koala Kong se mudou para Hollywood e lá assinou um contrato de cinema de proporções universais. Atualmente ele está trabalhando com um logopedista para melhorar sua dicção.''.
- Pinstripe Potoroo: ''Pinstripe se mudou para Chicago, onde agora é presidente de uma grande companhia de saneamento. Ele está guardando dinheiro para sua vindoura campanha governamental.''.
- Dr. Nitrus Brio: ''Depois do desaparecimento de seu mentor, o cientista Nitrus Brio redescobriu sua verdadeira vocação: ser garçom.''.
- Dr. Neo Cortex: ''Nunca mais se ouviu falar de Cortex depois que Crash arruinou seus planos...Mas cientistas do mal são mais difíceis de se esmagar que baratas.''.
